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当人类在发现和研究微生物之前，把一切生物分成截然不同的两大界 - 动物界和植物界。随着人们对微生物认识的逐步深化，从两界系统经历过三界系统、四界系统、五界系统甚至六界系统，直到 70 年代后期，美国人 Woese 等发现了地球上的第三 生命形式 - 古菌，才导致了生命 三域学说 的诞生。该学说认为生命是由古菌域 (Archaea) 、细菌域 (Bacteria) 和真核生物域 (Eucarya) 所构成。古菌域包括嗜泉古菌界 (Crenarchaeota) 、广域古菌界 (Euryarchaeota) 和初生古菌界 (Korarchaeota) ；细菌域包括细菌、放线菌、蓝细菌和各种除古菌以外的其它原核生物；真核生物域包括真菌、原生生物、 动物和植物 。除动物和植物以外，其它绝大多数生物都属微生物范畴。由此可见，微生物在生物界级分类中占有特殊重要的地位。

生命进化一直是人们关注的热点。 Brown 等依据平行同源基因构建的 "Cenancestor" 生命进化树，认为生命的共同祖先 Cenancestor 是一个原生物。原生物在进化过程中产生两个分支，一个是原核生物 ( 细菌和古菌 ) ，一个是原真核生物，在之后的进化过程中细菌和古菌首先向不同的方向进化，然后原真核生物经吞食一个古菌，并由古菌的 DNA 取代寄主的 RNA 基因组而产生真核生物（图片来源于网络）。

北京市新时代文明实践基层科普行动项目资助